A városban jelentős a hitélet. A település katolikus többségű, Tolnán és Mözsön is van római katolikus templom, Tolnán egy római katolikus kápolna, amit azonban már hosszabb ideje nem használnak. Jelentős a református vallásúak száma is, különösen a mözsi településrészen. Mözsön is Tolnán is van református imaház.
Jelenleg egy egyházi fenntartású oktatási intézmény működik Tolnán. A Tolnai Szent István Katolikus Gimnázium fenntartója a Pécsi Egyházmegye.
Tolnai Római Katolikus Plébánia
Cím: Tolna, Kossuth Lajos u. 30, 7130
Telefonszám: (06 74) 440 166
Plébános: Rosner Zsolt
Mözs-Tolnai Református Egyházközség
Cím: Mözs, Szent István u. 108, 7131
Telefonszám: (06 74) 443 341
Lelkipásztor: Sipos Judith Éva
